São João da Cruz nasceu em 1542 em Fontiveros, província de Ávila, na Espanha. Seus pais se chamavam Gonzalo de Yepes e Catalina Alvarez. Gonzalo pertencia a uma família de posses da cidade de Toledo. Por ter-se casado com uma jovem de classe “inferior” foi deserdado por seus pais e tornou-se tecelão de seda.
Em 1548, a família muda-se para Arévalo. Em 1551 transfere-se para Medina del Campo, onde o futuro reformador do Carmelo estuda numa escola destinada a crianças pobres. Por suas aptidões, torna-se empregado do diretor do Hospital de Medina del Campo. Entre 1559 a 1563 estuda Humanidades com os Jesuítas. Ingressou na Ordem dos Carmelitas aos vinte e um anos de idade, em 1563, quando recebe o nome de Frei João de São Matias, em Medina del Campo. Pensa em tornar-se irmão leigo, mas seus superiores não o permitiram. Entre 1564 e 1568 faz sua profissão religiosa e estuda em Salamanca. Tendo concluído com êxito seus estudos teológicos, em 1567 ordena-se sacerdote e celebra sua Primeira Missa.
Infelizmente, ficou muito desiludido pelo relaxamento da vida monástica em que viviam os conventos carmelitas. Decepcionado, tenta passar para a Ordem dos Cartuxos, ordem muito austera, na qual poderia viver a severidade de vida religiosa à que se sentia chamado. Em setembro de 1567 encontra-se com Santa Teresa, que lhe fala sobre o projeto de estender a Reforma da Ordem Carmelita também aos padres. O jovem de apenas vinte e cinco anos de idade aceitou o desafio. Trocou o nome para João da Cruz. No dia 28 de novembro de 1568, juntamente com Frei Antônio de Jesús Heredia, inicia a Reforma. O desejo de voltar à mística religiosidade do deserto custou ao santo fundador maus tratos físicos e difamações. Em 1577 foi preso por oito meses no cárcere de Toledo. Nessas trevas exteriores acendeu-se-lhe a chama de sua poesia espiritual. “Padecer e depois morrer” era o lema do autor da “Noite Escura da alma”, da “Subida do monte Carmelo”, do “Cântico Espiritual” e da “Chama de amor viva”.
A doutrina de João da Cruz é plenamente fiel à antiga tradição: o objetivo do homem na terra é alcançar “Perfeição da Caridade e elevar-se à dignidade de filho de Deus pelo amor”; a contemplação não é um fim em si mesma, mas deve conduzir ao amor e à união com Deus pelo amor e, por último, deve levar à experiência dessa união à qual tudo se ordena”. “Não há trabalho melhor nem mais necessário que o amor”, disse o Santo. “Fomos feitos para o amor”. “O único instrumento do qual Deus se serve é o amor”. “Assim como o Pai e o Filho estão unidos pelo amor, assim o amor é o laço da união da alma com Deus”.
O amor leva às alturas da contemplação, mas como o amor é produto da fé, que é a única ponte que pode salvar o abismo que separa a nossa inteligência do infinito de Deus, a fé ardente e vívida é o princípio da experiência mística. João da Cruz costuma pedir a Deus três coisas: que não deixasse passar um só dia de sua vida sem enviar-lhe sofrimentos, que não o deixasse morrer ocupando o cargo de superior e que lhe permitisse morrer humilhado e desprezado.
Faleceu no convento de Ubeda, aos quarenta e nove anos, no dia 14 de dezembro de 1591, após três meses de sofrimentos atrozes. A primeira edição de suas obras deu-se em Alcalá, em 1618. No dia 25 de janeiro de 1675 foi beatificado por Clemente X. Foi canonizado e declarado Doutor da Igreja por Pio XI . Em 1952 foi proclamado “Patrono dos Poetas Espanhóis”.